相対式ホーム２面２線をもつ地上駅。かつては、単式ホーム・島式ホーム混合の２面３線を持っていたのですが、駅舎から一番離れた島式ホームの片線が撤去されています。構内には、側線や車庫も残されています。無人駅ではありますが、観光シーズンには、摩周駅から係員が派遣され、乗車券を発売する場合があります。
現在の駅舎は、１９３６年（昭和１１年）に新築された２代目のもの。妻面の壁柱や筋交いに用いられている皮つきの白樺、丸太積みや石積みの腰壁など、愛着の湧く駅舎で、写生にやって来るひとも多いとか。
駅舎内には、出札口や待合所のほか、駅の事務室・貴賓室に当たる部分にレストラン「オーチャードグラス」が入っており（切符の販売はない）、「駅員さんのソフトクリーム」と称するソフトクリームなどを販売しています。駅長室は、昭和天皇もご休憩されたという由緒あるものです。自家製の生地とソースを使用したミックスピザや、ビーフシチューがオススメだそう。また、ここのコーヒーは摩周湖の伏流水を使っていて、おいしいと評判です。店内の雰囲気もとてもよく、旅をしているのだという気持ちにさせてくれます。
駅舎には、足湯が併設されており、観光客や地元の人が訪れます。この足湯は、かつては現駅舎とともに建設された旧トイレ棟で、駅前に新トイレが完成した際に、ログハウス調の外観を買われて足湯にされたもの。駅舎の一部を改装して設けられた足湯は、道内駅では最初のものです。室内は丸太を用いたベンチやテーブルなど、木のぬくもりを感じさせてくれるほか、温泉熱を利用した床暖房も完備しています。泉質は、川湯温泉と異なるのだそうです。
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