室蘭八幡宮は１８６８年（明治元年）に函館八幡宮から御分霊を奉斎して、元室蘭（現在の崎守町）に創立されたのが始まりとされています。１８７３年（明治６年）には札幌通りが完成し、街の中心が新室蘭（現在の海岸町付近）に移るのに伴い、元室蘭にあった社殿を１８７４年（明治７年）新室蘭地区に移し、郷社としました。１８９５年（明治８年）にはトッカリムイ神社とベキリウタ神社の祭神保食神と琴平神が合祀されています。
１９３１年（昭和６年）に社殿を焼失したため、諸経費を市費と氏子からの寄付で賄い、本殿を完成させました。現在の本殿は当時のもの、１９３１年（昭和６年）の建築と推定されます。本殿は流造り、社殿は権現造り。入母屋造りの神楽殿、社務所、斎館が揃い、室蘭地域の総鎮守としての風格を漂わせています。１９２４年（大正１３年）には県社に昇格。その後１９４５年（昭和２０年）には９月１５日付けで国社になることが内定していたそうです（蝦夷国一の宮付け。胆振国一の宮。しかしこれは、終戦をもって実現しませんでした）。
神社例大祭に奉納される室蘭神楽には、昭和の御大礼（即位の礼、大嘗祭）を記念して作られた全国でも類を見ないと言われるクジラが登場する神楽「鯨神の舞」があり、毎年８月の神社祭典で奉納されるそうです（新潟県三条市から伝播した三條神楽が伝承したもの。室蘭市指定民俗文化財）。
なお、境内には１９１１年（明治４４年）に当時皇太子（東宮）だった大正天皇が参拝されお手植えをされた松が残されているほか、１９２２年（大正１１年）に同じく皇太子（摂政宮）だった昭和天皇がお手植えしたイチイ（オンコ）の木も残っています。また、境内にあるソメイヨシノは、室蘭市のさくら標本木に指定されています。室蘭市は終戦前夜、北海道で唯一艦砲射撃を受けた都市としても有名ですが、その慰霊碑もこちらの境内に建っています。寺宝としては、艦砲射撃の時の砲弾などのほか、クジラの背に木造の神様を乗せた通称「八幡大神 木造」や、相撲絵馬（１８６９年（明治２年）に奉納されたと推定される）などがあります。（２０１７年１２月２６日、現状を確認）
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